Ao lado do Estado europeu, a Igreja Católica ocupou uma posição de destaque na colonização americana. O espírito cruzadista, típico do período medieval, que esteve presente nos grandes empreendimentos marítimos, reapareceu na Época Moderna, confundindo-se com a própria missão colonizadora. Razão pela qual a conquista da América está sempre relacionada, desde o seu início, a dois signos da civilização cristã européia: a cruz e a espada.
A Igreja, representada pelas várias ordens religiosas - jesuíta, carmelita, dominicana e beneditina, entre outras - esteve presente no Brasil especialmente com a ação da Companhia de Jesus, participante de nossa História desde o momento em que Portugal assumiu diretamente a empresa colonizadora.
A Contra-Reforma e a companhia de Jesus
No século XVI, a unidade cristã européia foi quebrada com o movimento da reforma protestante. Com a rápida expansão das doutrinas protestantes de Lutero e Calvino, a Igreja Católica reagiu com o Concílio de Trento, que, além da reforma interna, procurou criar instrumentos de combate ao protestantismo. Nessa medida, foi instituída a Congregação do Índice, proibindo a publicação de obras contrárias à doutrina católica, e restabelecido o Tribunal da Inquisição, destinado a perseguir e condenar os inimigos da fé católica.
Nesse quadro, o espanhol Inácio de Loyola criou, em 1534, a Companhia de Jesus, uma nova ordem religiosa com o objetivo de servir e de lutar pela Igreja Católica Apostólica Romana. Portanto, os jesuítas - soldados de Cristo - através da catequese e da educação, serviriam à ação da Contra-Reforma, compensando as perdas do catolicismo na Europa com a conversão das populações nativas do Novo Mundo.
A presença dos Jesuítas no Brasil
A chegada dos primeiros jesuítas ao Brasil data de 1549, quando, liderados por Manoel da Nóbrega, acompanharam Tomé de Sousa, o primeiro governador-geral.
Desde a sua chegada ao Brasil, os jesuítas estiveram envolvidos com a pacificação dos índios, o que os colocou, muitas vezes, em confronto direto com os colonos, que viam o índio como mão-de-obra abundante.
Voltados para a educação e a catequese, os inacianos fundaram os primeiros colégios do Brasil: em Salvador - colégio dos Meninos de Jesus -, em São Vicente e, em 1554, no planalto de Piratininga, ao redor do qual se desenvolveu a cidade de São Paulo.
Além dos colégios, localizados ou próximos dos poucos centros urbanos, os jesuítas foram avançando pelo interior da colônia, criando nos longínquos sertões grandes aldeamentos de índios: as missões oureduções. No século seguinte, as missões de Guaíra e Tapes, entre outras, eram grandes núcleos de povoamento indígena e verdadeiras unidades auto-suficientes, graças à disciplina imposta pelos religiosos aos nativos.
A existência de um grande contingente de mão-de-obra nesses aldeamentos acabou atraindo a cobiça dos colonos e, assim, a ação predadora dos bandeirantes culminou com a destruição de boa parte das missões jesuíticas. Mesmo com os problemas que marcaram sua atuação na colônia, a Companhia de Jesus conseguiu formar um grande patrimônio material, ao mesmo tempo em que se tornava uma verdadeira força política.
No século XVIII, o seu poder foi combatido pelo Marquês de Pombal, resultando na expulsão da ordem do Brasil e de Portugal.